Trong bối cảnh phát triển kinh tế số và đổi mới sáng tạo quốc gia, doanh nghiệp khoa học và công nghệ (Sau đây gọi là “Doanh nghiệp KH&CN”) đóng vai trò then chốt trong việc thúc đẩy nghiên cứu, ứng dụng công nghệ cao và nâng cao năng lực cạnh tranh quốc gia. Nhằm tạo điều kiện thuận lợi cho các doanh nghiệp KH&CN phát triển bền vững, Nhà nước Việt Nam đã ban hành các chính sách ưu đãi thuế đặc biệt, góp phần hình thành hệ sinh thái đổi mới sáng tạo và công nghệ cao.
Bài viết sau đây sẽ tập trung phân tích các điều kiện áp dụng và chính sách ưu đãi thuế dành cho doanh nghiệp KH&CN, giúp tối ưu hóa lợi ích cho các tổ chức hoạt động trong lĩnh vực này.
Theo quy định tại điểm đ khoản 2 Điều 15 Luật đầu tư 2020 sửa đổi bởi Luật số 90/2025/QH15 ngày 25/06/2025 thì “Doanh nghiệp khoa học và công nghệ” được xác định là một trong các đối tượng được hưởng ưu đãi đầu tư. Đồng thời, theo quy định tại khoản 1 và khoản 3 Điều 4 Nghị định 13/2019 thì Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ là căn cứ áp dụng căn cứ thực hiện các chính sách ưu đãi, ưu đãi đầu tư đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ.
Doanh nghiệp KH&CN được pháp luật quy định như thế nào?
Theo khoản 1 Điều 39 Luật Khoa học, Công nghệ và Đổi mới sáng tạo 2025, doanh nghiệp KH&CN là tổ chức thực hiện hoạt động nghiên cứu, phát triển, chuyển giao, đổi mới công nghệ, có năng lực hấp thụ và làm chủ công nghệ, mang lại hiệu quả kinh tế, xã hội và môi trường.
Điều kiện để được chứng nhận doanh nghiệp KH&CN?
Theo quy định tại Điều 6 Nghị định 13/2019/NĐ-CP và Điều 6 Thông tư 10/2021/TT-BKHCN, doanh nghiệp KH&CN cần đáp ứng các điều kiện sau:
- Doanh nghiệp được thành lập và hoạt động theo Luật Doanh nghiệp.
- Có khả năng tạo ra hoặc ứng dụng kết quả KH&CN được cơ quan có thẩm quyền đánh giá, thẩm định, công nhận theo quy định pháp luật.
- Doanh nghiệp có doanh thu từ việc sản xuất, kinh doanh sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ đáp ứng điều kiện tỷ lệ doanh thu đạt tối thiểu 30% trên tổng doanh thu của 01 (một) trong 03 (ba) năm liền kề trước thời điểm nộp hồ sơ đề nghị chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ, cụ thể:
- Đối với doanh nghiệp đã thành lập từ đủ 5 năm trở lên: có doanh thu từ việc sản xuất, kinh doanh sản phẩm hình thành từ kết quả KH&CN đạt tỷ lệ tối thiểu 30% trên tổng doanh thu.
- Đối với doanh nghiệp mới thành lập dưới 5 năm: không cần đáp ứng điều kiện về tỷ lệ doanh thu.
Ngoài ra, trường hợp các doanh nghiệp đã được cấp Giấy chứng nhận Doanh nghiệp KH&CN cũng cần lưu ý về việc trong thời gian doanh nghiệp đang được miễn hoặc giảm thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), nếu trong một năm bất kỳ doanh thu từ sản phẩm khoa học và công nghệ (tức là sản phẩm hình thành từ kết quả nghiên cứu) không đạt ít nhất 30% tổng doanh thu của doanh nghiệp trong năm đó thì doanh nghiệp không được hưởng ưu đãi thuế TNDN trong năm đó và được tính trừ vào thời gian được hưởng ưu đãi thuê TNDN theo quy định tại điểm c khoản 1 Điều 3 TT 03/2021/TT-BTC.
Cụ thể các chính sách thuế áp dụng đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ tại Việt Nam?
Về chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT): Căn cứ theo điểm m khoản 2 Điều 9 Luật Thuế GTGT 2024 quy định áp dụng mức thuế suất 5% cho các dịch vụ KH&CN theo Luật Khoa học và Công nghệ.
Về chính sách thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN): Căn cứ theo quy định tại Khoản 1 Điều 12 Nghị định 13/2019/NĐ-CP và Điều 3 Thông tư 03/2021/TT-BTC, chính sách ưu đãi đối với thuế TNDN được quy định cụ thể như sau:
| Giai đoạn | Thuế suất áp dụng | Ưu đãi thuế TNDN | Lưu ý |
| Năm thứ 01 đến năm thứ 04 | - | Miễn thuế TNDN | Thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính liên tục kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ, trường hợp không có thu nhập chịu thuế trong 03 năm đầu, kể từ năm đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ thì năm đầu tiên tính thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ 04. |
| Năm thứ 05 đến năm thứ 13 | 7,5 -10% | Giảm 50% số thuế phải nộp tối đa | |
| Năm thứ 14 về sau | Áp dụng theo thuế suất phổ thông quy định là 20%
Trường hợp doanh nghiệp có tổng doanh thu năm không quá 03 tỷ đồng thì thuế áp dụng sẽ là 15% Trường hợp doanh nghiệp có tổng doanh thu năm 03 tỷ đồng đến không quá 50 tỷ đồng thì thuế áp dụng sẽ là 17% |
||
Ngoài ra, cần lưu ý một số trường hợp áp dụng đặc biệt:
Theo quy định tại Khoản 2 Điều 3 Thông tư 03/2021/TT-BTC, nếu:
Doanh nghiệp đã hưởng ưu đãi thuế TNDN theo điều kiện khác (ví dụ: địa bàn khó khăn, ngành nghề ưu đãi), sau đó được cấp Giấy chứng nhận KH&CN thì thời gian ưu đãi KH&CN sẽ bằng tổng thời gian ưu đãi KH&CN trừ đi thời gian đã hưởng trước đó.
Doanh nghiệp KH&CN được bổ sung sản phẩm KH&CN mới vào Giấy chứng nhận, thì thu nhập từ sản phẩm mới cũng được hưởng ưu đãi thuế TNDN trong thời gian ưu đãi còn lại.
Ngoài ra về chính sách thuế nhập khẩu: Doanh nghiệp KH&CN, doanh nghiệp công nghệ cao và tổ chức KH&CN được miễn thuế nhập khẩu trong 5 năm kể từ khi bắt đầu sản xuất theo quy định khoản 13 Điều 16 Luật Thuế nhập khảu, thuế xuất khẩu 2016.
Qua những phân tích chi tiết về điều kiện chứng nhận và các chính sách ưu đãi thuế dành cho doanh nghiệp khoa học và công nghệ, bài viết kỳ vọng đã góp phần làm rõ những điểm cần lưu ý, đồng thời mang đến góc nhìn tổng thể về các lợi ích mà doanh nghiệp có thể tận dụng trong quá trình đầu tư và phát triển khoa học công nghệ tại Việt Nam. Nếu quý doanh nghiệp cần hỗ trợ về các thủ tục liên quan, Nacilaw luôn sẵn sàng đồng hành để mang đến giải pháp hiệu quả, giúp quý doanh nghiệp tối ưu hóa nguồn lực và hướng tới sự phát triển bền vững. Vui lòng liên hệ chúng tôi để được tư vấn chi tiết.
