Bộ Công thương cấp giấy chứng nhận đối với:

• Cơ sở sản xuất hoặc cơ sở vừa sản xuất vừa kinh doanh tại một địa điểm hoặc cơ sở sản xuất, kinh doanh nhiều loại sản phẩm các sản phẩm thực phẩm có công suất thiết kế: Rượu: Từ 03 triệu lít sản phẩm/năm trở lên; Bia: Từ 50 triệu lít sản phẩm/năm trở lên; Nước giải khát: Từ 20 triệu lít sản phẩm/năm trở lên; Sữa chế biến: Từ 20 triệu lít sản phẩm/năm trở lên; Dầu thực vật: Từ 50 ngàn tấn sản phẩm/năm trở lên; Bánh kẹo: Từ 20 ngàn tấn sản phẩm/năm trở lên; Bột và tinh bột: Từ 100 ngàn tấn sản phẩm/năm trở lên;

• Chuỗi cơ sở kinh doanh thực phẩm (trừ chuỗi siêu thị mini và chuỗi cửa hàng tiện lợi có diện tích tương đương siêu thị mini theo quy định của pháp luật); Cơ sở bán buôn thực phẩm (bao gồm cả thực phẩm tổng hợp) trên địa bàn từ 02 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trở lên hoặc cơ sở vừa kinh doanh vừa sản xuất công suất thiết kế nhỏ hơn công suất theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 6 Thông tư 43/2018/TT-BTC.

Sở Công thương cấp giấy chứng nhận đối với:

• Cơ sở sản xuất hoặc cơ sở vừa sản xuất vừa kinh doanh tại một địa điểm hoặc cơ sở sản xuất, kinh doanh nhiều loại sản phẩm các sản phẩm thực phẩm có công suất thiết kế nhỏ hơn công suất thuộc thẩm quyền Bộ Công thương;

• Cơ sở bán buôn, bán lẻ thực phẩm (bao gồm cả thực phẩm tổng hợp) của thương nhân trên địa bàn 01 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương; chuỗi siêu thị mini và chuỗi cửa hàng tiện lợi có diện tích tương đương siêu thị mini theo quy định của pháp luật.

Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cấp giấy chứng nhận đối với cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm nông, lâm, thủy sản, trừ các cơ sở:

• Sản xuất ban đầu nhỏ lẻ;
• Sản xuất, kinh doanh thực phẩm không có địa điểm cố định, tàu cá có chiều dài dưới 15 mét;
• Sơ chế nhỏ lẻ;
• Kinh doanh thực phẩm nhỏ lẻ;
• Kinh doanh thực phẩm bao gói sẵn;
• Cơ sở đã được cấp một trong các Giấy chứng nhận: Thực hành sản xuất tốt (GMP), Hệ thống phân tích mối nguy và điểm kiểm soát tới hạn (HACCP), Hệ thống quản lý an toàn thực phẩm ISO 22000, Tiêu chuẩn thực phẩm quốc tế (IFS), Tiêu chuẩn toàn cầu về an toàn thực phẩm (BRC), Chứng nhận hệ thống an toàn thực phẩm (FSSC 22000) hoặc tương đương còn hiệu lực;
• Cơ sở sản xuất, kinh doanh nông, lâm, thủy sản có xuất khẩu sang các quốc gia, vùng lãnh thổ có yêu cầu chứng nhận y tế (chứng thư, chứng nhận an toàn thực phẩm) bởi cơ quan có thẩm quyền thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn theo quy định của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.

Cơ quan cấp giấy chứng nhận cấp địa phương do Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định dựa trên phân cấp của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (tuy vào các tỉnh/thành phố trực thuộc trung ương khác nhau) đối với cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm nông, lâm, thủy sản không thuộc thẩm quyền của Bộ của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.

Các trường hợp còn lại không thuộc vào thẩm quyền cấp của Bộ Công thương và Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn sẽ thuộc thẩm quyền của Bộ Y tế cụ thể như: Phụ gia thực phẩm hỗ trợ có công dụng mới, phụ gia thực phẩm không thuộc danh mục các chất phụ gia được phép sử dụng hoặc không đúng đối tượng sử dụng trong thực phẩm do Bộ Y tế quy định; Chất hỗ trợ chế biến thực phẩm; Nước uống đóng chai; Nước khoáng thiên nhiên; Thực phẩm chức năng, thực phẩm bảo vệ sức khỏe, và các thực phẩm khác theo quy định của Chính phủ.

Cục An toàn thực phẩm cấp Giấy chứng nhận cho cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm chức năng, thực phẩm tăng cường vi chất dinh dưỡng, phụ gia thực phẩm, chất hỗ trợ chế biến thực phẩm trừ các cơ sở sản xuất, kinh doanh nhỏ lẻ; các cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm khác khi có nhu cầu đặc biệt (yêu cầu của nước nhập khẩu sản phẩm của cơ sở đó).

Chi Cục An toàn vệ sinh thực phẩm của tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương cấp Giấy chứng nhận thuộc phạm vi quản lý của ngành y tế trên địa bàn như: Cơ sở sản xuất, kinh doanh nước khoáng thiên nhiên, nước uống đóng chai, bao bì, dụng cụ tiếp xúc trực tiếp với thực phẩm; Cơ sở nhỏ lẻ sản xuất thực phẩm chức năng, thực phẩm tăng cường vi chất dinh dưỡng, phụ gia thực phẩm, chất hỗ trợ chế biến thực phẩm; Cơ sở nhỏ lẻ kinh doanh thực phẩm chức năng, thực phẩm tăng cường vi chất dinh dưỡng, phụ gia thực phẩm, chất hỗ trợ chế biến thực phẩm có yêu cầu bảo quản sản phẩm đặc biệt.

Ngoài ra, Ủy ban nhân dân quận, huyện có thẩm quyền đối với trường hợp các cơ sở kinh doanh dịch vụ ăn uống do cơ quan đăng ký kinh doanh thuộc Ủy ban nhân dân quận, huyện cấp Giấy chứng nhận đăng ký hộ kinh doanh.

Tuy nhiên, hiện nay đối với khu vực thành phố Hồ Chí Minh thực hiện Nghị quyết số 98/2023/QH15 ngày 24/6/2023 của Quốc hội về thí điểm một số cơ chế, chính sách đặc thù phát triển Thành phố Hồ Chí Minh và Nghị quyết số 77/NQ-HĐND ngày 19 tháng 9 năm 2023 của Hội đồng nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh, Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh tổ chức Hội nghị công bố thành lập Sở An toàn thực phẩm, do đó Sở An toàn thực phẩm là cơ quan chuyên môn thực hiện chức năng tham mưu, quản lý nhà nước về an toàn thực phẩm trong tất cả lĩnh vực thuộc thẩm quyền của Bộ Công thương, Bộ Nông nghiệp và Phát triển và Bộ Y tế tại địa phương, trừ các trường hợp thuộc thẩm quyền cấp quận/huyện.